医院财务经济活动与一般行政事业单位相比更为复杂，其涉及政策性强、业务量大、范围广、资料多，因此，越来越多的审计机关在安排年度项目计划时，把医院财务收支作为审计重点。在医院审计中应重点关注的以下五个方面：
一是审查收费情况。
医院收费直接关系到人民群众的切身利益。目前，国家对药品加价收费和医疗服务收费项目、标准作了明确具体的规定，审计人员应核对市属公立医院药品、医疗服务项目收费标准的真实合规性，检查医院是否存在自立、分解或捆绑项目、超标准、超范围、超数量、重复收费等违法违规行为。
二是审查负债情况。
随着城市人口规模的不断增长，病人持续增多，人们对医疗卫生需求多样化与公立医院超负荷运转的矛盾日益突出，因此很多市属公立医院将新建扩建院区、加大医疗器械设备购置作为扩大医疗规模，改善硬件设施的重要举措。然而项目投入主要依靠医院自筹资金解决，致使其负债额急速上升。审计人员应查看市属公立医院负债的总体规模、结构和实际还本付息能力，了解市财政以及卫生主管部门的支持力度。
三是审查物资采购情况。
因为市属公立医院每年都有大量的物资采购，有些药品、医疗器械经销商为了占有更多的市场份额，往往不择手段，向医院或医院负责采购的有关人员提供各种形式的回扣或变相优惠。因此，审计人员应检查药品、医用耗材、材料和大型医疗设备购置是否严格执行政府采购和公开招投标政策，查看采购流程中申请、审核、批准、采购、入库、入账等环节的执行过程，注意发现医院或医院的工作人员收取回扣，隐瞒转移收入，甚至接索贿赂等违法违纪问题的线索。
四是审查工程项目建设管理情况。
因为原有市属公立医院主要集中于中心城区，占地面积有限、功能布局不够合理，往往造成医院效率降低，群众就医困难。因此近年来，一些医院为拓宽发展空间，扩大医疗服务的覆盖面，往往改扩建院区或新设分院，使得基建项目较多，维修工程频繁。审计人员应检查建造工程项目相关手续的完备性，基建投资是否存在超概算行为，有无管理不善、造成损失浪费等问题。检查基建管理内控制度的健全性，医院管理人员对项目建设过程中的重大设计变更、影响投资的签证、监理及造价咨询、施工单位考核管理等方面是否履行相应监督制约职能。
五是审查内控制度的健全性和有效性。
市属公立医院存在药品、医疗器械、医用耗材、后勤物资的保管及领用等大量的经济活动。若这些经常性的活动没有制度约束，就会给违法活动提供可乘之机。因此，审计人员应检查上述物资的收发、领用流程的科学合规性，对相关内控制度进行符合性测试，查看医院对重大资金使用、医疗服务和药品收费等是否制定了相应的管理办法和信息公示制度，相关法规的实际执行力如何。
